Organizačná štruktúra Luftwaffe bola relatívne zložitá. Základnou taktickou jednotkou Luftwaffe nebola peruť, funkčne jej bola najbližšie jednotka nazývaná Gruppe (Gr) alebo skupina. Tri Gruppe obvykle tvorili Geschwader (G – eskadra), existovali však stíhacie Jagdgeschwadery (JG) so štyrmi až piatimi a bombardovacie Kampfgeschwadery (KG) so šiestimi Gruppe. Každá Gruppe najčastejšie združovala tri jednotky zvané Staffel (zhruba na úrovni letky), z nich každá bola vyzbrojená 12 až 16 lietadlami. Gruppe mala okolo 40 a Geschwader asi 120 až 140 strojov (vrátane záložných). Vplyv bojových a prevádzkových strát, umocnený snahou spojencov čo najviac narušiť práve leteckú výrobu, vyústil v situáciu, kedy skutočný stav počtu lietadiel u jednotiek Luftwaffe bol v dobe vojny hlboko pod uvedenými tabuľkovými počtami.

V rámci jednotiek Staffel pôsobili ešte nižšie taktické celky. Tak napríklad typickú formáciu stíhacích lietadiel tvorili štyri stroje (Schwarm – roj), trojica lietadiel sa nazývala Kette, dvojica – Rotte. Vo vnútri jednotiek Gruppe a Geschwader ešte spravidla pôsobili malé skupiny lietadiel, pilotovaných príslušníkmi štábu jednotky (Stab). Vyššími jednotkami Luftwaffe boli Luftflotte (asi na úrovni leteckej armády), nižšie stáli Fliegerkorps a Fliegerdivision, útvary bez pevnej organizačnej štruktúry. K plneniu špeciálnych úloh boli vytvárané špeciálne jednotky (Kommando, Sonderkommando) zhruba vo veľkosti letky, niekedy rozlišované menom veliteľa (napr. Kommando „Nowotny“).

Jednotky Luftwaffe boli označované kódom zloženým z rímskych a arabských čísiel a písmen. Stred kódu tvorilo lomítko – napravo od neho boli písmená označujúce v skratke charakter jednotky takto:

Ďalej vpravo bolo arabskou číslicou uvedené číslo eskadry, poprípade i čestný názov jednotky, napr. „Udet“, „Richthofen“ a pod. Vľavo od lomítka bolo uvedené číselné označenie – rímskymi číslicami bola označovaná Gruppe, arabskými Staffel. Vzhľadom k tomu, že každú Gruppe obvykle tvorili tri Staffel, je zrejmé, že Staffel s číslami 1-3 náležala k I. Gruppe, Staffel 4-6 k II. Gruppe atď. Napr. označenie III./JG54 „Grunherz“ značilo tretiu Gruppe, Jagdgeschwader 54 s názvom „Grunherz“, označenie 5./JG27 určovalo 5. Staffel, II. Gruppe, Jagdgeschwader 27; označenie 6./II.(S)LG2 identifikovalo 6. Staffel, II.(Schlacht) Gruppe, Lehrgeschwader 2 a podobne.

Označovanie jednomotorových lietadiel Luftwaffe

V rámci stíhacej eskadry (Jagdgeschwader) mali jej Gruppe pridelené rozlišovacie symboly takto

I. Gruppe

II. Gruppe

III. Gruppe

IV. Gruppe

V praxi však existovalo množstvo výnimiek i v tomto označovaní.

Pre rýchlu identifikáciu stroja ďalej slúžili farby jednotlivých Staffel a to vždy tri farby u každej Gruppe v následujúcom poradí: biela, čierna alebo červená a žltá. Celá organizačná štruktúra stíhacej eskadry vyzerala teda takto:

Takže napr. lietadlo patriace 4. Staffel by malo niesť na trupe biele taktické číslo pred krížom a biely vodorovný prúžok za krížom. Ako zaujímavú výnimku možno uviesť napríklad farbu trupového označenia 6./JG 26, ktorá bola hnedá.